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| Titre : | Inhibition enzymatique in silico des β- lactamases par Sedum sediforme | | Type de document : | document électronique | | Auteurs : | Chekrane Laouamen, Auteur ; Rahma Manallah, Auteur ; Naouel Boussoualim, Directeur de thèse | | Editeur : | Faculté des sciences de la nature et de la vie | | Année de publication : | 2025 | | Importance : | 41 Feuilles | | ISBN/ISSN/EAN : | MS/2211 | | Langues : | Français | | Catégories : | Thèse et mémoire:Master:Microbiologie appliquée
| | Mots-clés : | Docking moléculaire β-lactamase Résistance aux antibiotiques Sedum sediforme Swiss ADME. | | Résumé : |
La résistance aux antibiotiques constitue aujourd’hui un enjeu majeur de santé publique. les composés phytochimiques, notamment ceux issus de plantes médicinales, influencent les mécanismes de résistance développés par les bactéries. Dans ce contexte, des approches in silico offrent une alternative efficace pour prédire l’affinité des composés naturels avec les β-lactamases, Cette étude vise à identifier des molécules bioactives extraites de la plante Sedum sediforme en utilisant la chromatographie liquide haute performance (HPLC). Cette analyse a révélé la présence de 17 composés phénoliques, dont les principaux sont la quercétine (36,52 %) et l’acide gallique (24,11 %). Parmi les autres constituants significatifs figurent l’acide caféique (6,65 %), l’hespérétine (6,17 %), l’acide syringique (5,47 %), le kaempférol (4,05 %) et la rutine (3,83 %). Les structures SDF de ces molécules ont été téléchargées depuis PubChem, optimisées avec le logiciel Avogadro, puis soumises à un docking moléculaire ciblant quatre protéines représentatives des β-lactamases TEM-1 (PDB : 1NYM), NDM-1 (PDB : 4EXS), AmpC (PDB : 1C3B) et OXA-48 (PDB : 7KHQ), à l’aide du logiciel AMDock. Les résultats ont montré des affinités remarquables pour certains ligands : la quercétine avec TEM-1 : -8,9 kcal/mol, la rutine avec NDM-1 : -6,79 kcal/mol, la rutine avec AmpC : -9,3 kcal/mol, l’acide gallique avec OXA-48 : -7,45 kcal/mol. L’analyse des interactions par BIOVIA Discovery Studio a mis en évidence des liaisons hydrogène, des interactions hydrophobes et des effets stériques, stabilisant les complexes protéine-ligand. Une corrélation significative entre la concentration des ligands et leur énergie de liaison avec TEM-1 (p = 0.023) et AMPc (p = 0.010). Le profil ADME (Absorption, Distribution, Métabolisme, Excrétion) des ligands les plus performants (qui ont les meilleurs scores) a été généré avec les outils en ligne SwissADME. L’acide gallique et la quercétine respectent la règle de Lipinski. Ainsi, ces molécules pourraient être d’excellents candidats pour une administration orale. En revanche, la rutine viole la règle de Lipinski. En appliquant le modèle BOILED-Egg, la quercétine et l’acide gallique se situent dans la zone albumen ce qui indique que ces molécules peuvent traverser la barrière hémato-encéphalique (BBB). L’évaluation des risques toxicologiques par Pro-tox 3.0 a révélé que la quercétine, la rutine et l’acide gallique présentent certains effets toxiques sur des organes spécifiques. Cependant, la rutine affiche la DL₅₀ la plus élevée parmi les composés testés, suggérant un risque toxique plus faible que les autres. |
Inhibition enzymatique in silico des β- lactamases par Sedum sediforme [document électronique] / Chekrane Laouamen, Auteur ; Rahma Manallah, Auteur ; Naouel Boussoualim, Directeur de thèse . - Setif, Algerie : Faculté des sciences de la nature et de la vie, 2025 . - 41 Feuilles. ISSN : MS/2211 Langues : Français | Catégories : | Thèse et mémoire:Master:Microbiologie appliquée
| | Mots-clés : | Docking moléculaire β-lactamase Résistance aux antibiotiques Sedum sediforme Swiss ADME. | | Résumé : |
La résistance aux antibiotiques constitue aujourd’hui un enjeu majeur de santé publique. les composés phytochimiques, notamment ceux issus de plantes médicinales, influencent les mécanismes de résistance développés par les bactéries. Dans ce contexte, des approches in silico offrent une alternative efficace pour prédire l’affinité des composés naturels avec les β-lactamases, Cette étude vise à identifier des molécules bioactives extraites de la plante Sedum sediforme en utilisant la chromatographie liquide haute performance (HPLC). Cette analyse a révélé la présence de 17 composés phénoliques, dont les principaux sont la quercétine (36,52 %) et l’acide gallique (24,11 %). Parmi les autres constituants significatifs figurent l’acide caféique (6,65 %), l’hespérétine (6,17 %), l’acide syringique (5,47 %), le kaempférol (4,05 %) et la rutine (3,83 %). Les structures SDF de ces molécules ont été téléchargées depuis PubChem, optimisées avec le logiciel Avogadro, puis soumises à un docking moléculaire ciblant quatre protéines représentatives des β-lactamases TEM-1 (PDB : 1NYM), NDM-1 (PDB : 4EXS), AmpC (PDB : 1C3B) et OXA-48 (PDB : 7KHQ), à l’aide du logiciel AMDock. Les résultats ont montré des affinités remarquables pour certains ligands : la quercétine avec TEM-1 : -8,9 kcal/mol, la rutine avec NDM-1 : -6,79 kcal/mol, la rutine avec AmpC : -9,3 kcal/mol, l’acide gallique avec OXA-48 : -7,45 kcal/mol. L’analyse des interactions par BIOVIA Discovery Studio a mis en évidence des liaisons hydrogène, des interactions hydrophobes et des effets stériques, stabilisant les complexes protéine-ligand. Une corrélation significative entre la concentration des ligands et leur énergie de liaison avec TEM-1 (p = 0.023) et AMPc (p = 0.010). Le profil ADME (Absorption, Distribution, Métabolisme, Excrétion) des ligands les plus performants (qui ont les meilleurs scores) a été généré avec les outils en ligne SwissADME. L’acide gallique et la quercétine respectent la règle de Lipinski. Ainsi, ces molécules pourraient être d’excellents candidats pour une administration orale. En revanche, la rutine viole la règle de Lipinski. En appliquant le modèle BOILED-Egg, la quercétine et l’acide gallique se situent dans la zone albumen ce qui indique que ces molécules peuvent traverser la barrière hémato-encéphalique (BBB). L’évaluation des risques toxicologiques par Pro-tox 3.0 a révélé que la quercétine, la rutine et l’acide gallique présentent certains effets toxiques sur des organes spécifiques. Cependant, la rutine affiche la DL₅₀ la plus élevée parmi les composés testés, suggérant un risque toxique plus faible que les autres. |
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